风险投资属于买方金融范畴，目的在于以投资收益的方式获得高额回报，同时包含融资和投资两个过程，但是风险投资人的角色和地位不同。风险投资包括三方利益主体：投资者、风险投资人、创业企业家，在融资和投资两个过程中分别存在委托代理人问题。对于风险投资而言，融资是第一位的，解决风险投资人和投资者之间的信息不对称是采取何种组织形式的决定因素。目前，在风险投资市场发展成熟的国家，主要有公司制和有限合伙制两种形式。
    从企业组织结构形式看，公司制企业产权易于转让、可以永久存续、股东负有限责任，这有利于企业筹集资金，也使得投资者更易于退出，股东对管理层约束能力强。因此公司制企业有更加广泛的社会基础。在风险投资业内，合伙企业都是采取有限合伙制形式，其中至少有一人是一般合伙人。尽管有限合伙制创立成本低，但是由于无限责任、有限存续、产权不易转让等，导致合伙制企业难以凑集资金。合伙制企业更需要合伙双方或者多方的信任基础，否则就会一拍两散，随时终结企业生命。
    选择何种企业组织形式，除了筹资的考虑，投资收益是非常重要的因素。其中税收问题直接影响投资人的投资收益率的高低。目前，世界各国税制比较普遍的规定是，对合伙制企业的收入按照合伙人征收个人所得税，没有企业所得税。公司制企业不仅要负担企业所得税，股东收到股利后还需要缴纳个人所得税。公司制下的投资人税负较重。按照法人利益角度看，公司制下的纳税并不是现在通常所称的“双重纳税”。而合伙制企业的纳税得到了政府从合伙制企业法人形式上对纳税的豁免，是一种税收优惠。因此，对合伙制企业的征税规定实质造成了同等竞争下的征税不公平。目前，许多国家正在研究这一问题。
    公司制风险投资机构的组织形式在欧洲风险投资业早期和发展中国家比较流行，其原因如前文所述，公司制的风险投资公司相对难以解散，这有助于给予潜在投资人以信心，尤其在风险投资业刚刚起步时。在美国和英国，目前相当部分的风险资本依据《有限合伙企业法》设立，有限合伙制是美国最主要的风险投资机构组织形式。
    风险投资有限合伙制组织形式，投资项目选择、投资过程管理，以致最终清算投资业务，几乎全部由普通合伙人负责完成。作为风险投资基金资金来源主要提供者的有限合伙人是“有限合伙人一普通合伙人”这一委托代理关系中的委托人，他们必须关注普通合伙人的行为和决策，以维护自身的利益。通过有限合伙制企业的自身特性和合伙协议的商定，在一定程度上解决了委托代理关系中经常面临的代理问题和监管困难问题。    比如，有限合伙制企业的有限存续期限和普通合伙人的报酬与企业业绩相关等。尽管有限合伙制在有效的合伙协议和恰当的激励机制下，能比公司制形式较好地解决委托代理关系中的利益冲突。但是由于其有限的存续生命，普通合伙人必须持续筹集新的资本，资金来源又是建立在合作双方相互信任的基础之上，而且需要一个高度发达的资本市场体系，包含各种不同层次的市场结构，能够确保私人投资者的利益。因此，在资本市场体系够发达，社会诚信体系不健全和失信成本很低，以及无限责任不能从法律上得以确保的环境下，公司制反而是风险投资机构选择的组织机构形式。
    目前，公司制是我国风险投资机构的主要组织形式，有限责任公司占有绝对比重。由于缺少成熟风险投资管理人群体的支撑，有限合伙制中一般合伙人承担无限责任的规定还需要建立个人财产制度和信用制度，我国风险投资机构的组织形式向有限合伙制转变还需要一个过程。2008年，179家风险投资机构中，有限责任公司制占56.98%，但有限合伙制的风险投资机构比例从2004年的2%增加到2008年的24.58%。这种快速的转变主要得益于合伙企业法的修订内容对有限合伙企业的法律确认。